Dédapám Istenhitéről sokan sokfélét írtak. Pap barátja Torai Ányos ezt mondja Az amit nem tudunk Gárdonyiról című írásában:
„Gárdonyinak a valláshoz való viszonyát Kéky Lajos, egyik jeles elemzője, így állapítja meg: «Egy nagy lelki meghasonlás következtében mélyen keresztyéni érzése mellett is elfordult minden tételes vallástól. Egri remeteségében lelke a végső dolgokon való eszmélkedésbe merült, egyre jobban vonzotta a teozófia, mind mélyebben misztikussá vált s ezen az alapon egységes világfelfogást próbált kialakítani munkáiban is.» A másik, Sik Sándor, még határozottabban jellemez: «A katolicizmus dogmatikája… úgy amint az ő lelkében kialakult, nem elégítette ki teljesen. A katolicizmus neki elsősorban a lelkében élő Krisztus volt. A katolikus hitrendszerről mélyebb és egészen szabatos fogalmakra nem jutott» Bizony, ez ítéletekhez hozzátenni vagy elvenni való nem igen akad. Örömmel kell azt hirdetnünk, hogy alig van Isten-hívőbb, Krisztus-szeretőbb, Mária-tisztelőbb, másvilágban-bizakodóbb, tisztábbtollú és erkölcsösebb írónk Gárdonyinál: de részvéttel a hittestvér iránt azt sem tagadhatjuk, hogy a tételes katolikus vallás abban a korban, mikor már öntudatossá és életirányítóvá kellett volna válnia – távol állott tőle. Pedig keresett-kutatott, vizsgálódott szíve utolsó dobbanásáig. Az én lelkem tele van Istennel, mondta a papnak pár órával halála előtt. Meg is gyónnék, ha szükségét érezném – s egy félórán át fejtegette akkor is még dogmatikus gondolatait. Ezek voltak utolsó világos percei.
Megroppanását nem mentegetni, csak magyarázni óhajtanók. Említettük már, hogy családfája nem gyökerezett őstelevény katolikus talajba. Evangélikus atyja csak a halálos ágyon lett katolikussá. Igaz: katolikus anyja imádságaival indult az élet útjára. Ám ennek az útnak első állomásai: a sárospataki s a budapesti református gimnázium alig ültethették lelkébe elég mélyre a katolikus vallás alapigazságait. Mégis az egri tanítóképzős bizonyára valláserkölcsi viseletével is megérdemelte azt az évi 60. majd atyja halála után 100 forintot, amelyet Samassa érsek juttatott neki. Szíve mélyéből fakadt a devecseri tanítónak is imádsága, melyet naplójában is följegyez: «Uram, add szent kegyelmedet… Segíts küzdelmeimben. Őrizz meg minden bajtól, hogy Téged zavartalanul szerethesselek, mert csak Te vagy az, akit szeretni akarok határtalanul és lángoló szívvel. Te vagy az én egyetlen és legönzetlenebb atyám.» Élő hitből fakadt a kis tanító tollán a karácsonyi dalnak szövege s melódiája: Fel nagy örömre, most született, aki után a föld epedett – ma is éneklik templomainkban. Része volt benne a szegénységen való elkeseredésnek, de az elvonultságot, a csendet es istenes áhítatot kívánó lelkének is, hogy a tanítói pályát a franciskánuséval akarja fölcserélni. Isten is szerzetesnek teremtette, írta plébánosa ajánló levelében. S mikor a provinciális elutasítja azzal, hogy a szerzetespapi pályáról elkésett, tovább vánszorog a rögös pályán Dabronyig, ahol aztán boldogtalan házassága s ennek körülményei kioltják hitének gyertyáját.
Csak Isten a tudója, mi ment végbe lelkében. Keserves tusákról bizonykodnak naplójának ilyen följegyzései: Önzetlenül csak egy ember szeretett: Krisztus. Elszédülök, ha rátekintek a keresztfára… Életemben nem törődött velem az Isten, vajon törődik-e halálom után (1886-ból). Mindössze harminc éves, mikor házasélete végkép összeomlik. S nem az ő hibájából. Előbb mindent megtesz, hogy egyháza parancsaival ellentétbe ne kerüljön. Újra meg újra megbocsát. Végre is elszakadt a kötél. De Isten törvénye nem szakadhatott meg, mely házastársához kötötte s a harmincéves ember, a tollával szabad lélek, a mindig fényesebb nevű író, láncon tartott rabnak érzi magát. És lázadozik mindenki ellen, aki szerinte láncát tartja. Sík Sándort idézem: «Fanyar daccal fordul a házasságon keresztül a hazugságon épült társadalom, a házasságot szentséggé avató és a válást lehetetlenné tevő egyház, a boldogtalanságot szentesítő vallás és a szenvedést megengedő Isten ellen.» Az újságíró-élet és társaság nem közelebb vezette, még távolabb vetette Istentől. Tanúi ennek Szabolcska Mihállyal váltott levelei (1894). Keserűen pápistának keresztelt istentelen pogánynak nevezi magát bennük, aki az Isten nyilvánulásai nyomán több könnyet lát, mint mosolyt. Mégis sokat tanult az Isten-hívő Szabolcska iskolájában. Jól jegyzi meg az életrajzíró: megérezte, «hogy Szabolcska Istenhívősége a rézkorlát, amibe kapaszkodhat, ha a mennyei lépcsőkön az újra feljutás ismét a szívébe kívánkozna.» Mert odakívánkozott. Hiába pellengérezi az Egyház szolgáit a «Lámpás»-ban, hiába gúnyolódik az «Igazság a földön»-ben, hiába csúfolkodik a «Vígalom a mennyország»-ban; útja, ha tüskén-bozóton is, mégis Istenhez vezet.
Igaz, hogy a spiritizmuson, Buddhán és tanításán keresztül. 1897-ben az előbbi istentagadó már Krisztusról álmodik, már azt tervezi sírfeliratául: Hiszek egy Istenben és az örök életben, s megszerzi Buddha bibliáját a régi biblia mellé s elindul a keleti vallásfilozófia útján. Az egri remeteségben aztán járja mind a két utat. Hogy Buddha bibliáját eredetiben olvashassa, megtanulja a tibeti nyelvet. Esténkint egy-egy fejezetet olvas Buddhából és fiainak is meghagyja, hozassák meg bibliáját német nyelven s olvasgassák naponta. Hitévé válik s boldogítja a reinkarnáció. 1911 végén naplójában ezt jegyzi fel: «Eseménynek tekintem, a lélek örökkévalóságának kezdettelenségét hogy megfejtettem.» De már egri jóbarátainak javarésze katolikus pap. Gyakori tárgyai a beszélgetésnek a szent biblia s a hitigazságok. Amazt is forgatja sokszor, ezeken is töpreng még többször. Folyosója falára maga festi Szűz Máriát a kis Jézussal. Hálószobájának éke Munkácsy Krisztusa. Ágya felett a megfeszített Jézus keresztje. Végrendelete azt kívánja: pap szentelje be sírját és a sírkeresztje ezt hirdesse: Csak a teste.
Hiába mondatja gyönyörű legendás könyvében maga helyett «A forrás» remetéjével: «Láthatjátok, hogy Jézus az én világosságom. De ahogyan elvonultam az emberek közül, és magányos egymagamban élek, a különféle vallásokat is magam mögött hagytam.» Munkáinak számtalan Jézus- és -Mária-ihlette lapja bizonyítja tétovázó lelkéről; Anima naturaliter Christiana… „